Naturalista (Napoli 1567 - ivi 1640), si dedicò specialmente alla botanica sottolineando l'importanza del fiore e del seme per la classificazione delle piante; fu definito da Linneo "primo di tutti i botanici". Valente disegnatore, preparò egli stesso le finissime tavole per il suo Phytobasanos (1592), opera nella quale l'incisione calcografica sostituì per la prima volta l'immagine xilografica. Sua opera botanica più importante è l'Ekfrasis (1606, 2a ed. 1616), frutto di acute osservazioni personali, arricchita da centocinquantasei tavole disegnate ancora dallo stesso Colonna. Ascritto all'accademia dei Lincei (1612), partecipò al lavoro di commento, per la parte botanica e mineralogica, del Tesoro messicano (1628, ... 1651); collaborò inoltre alle ricerche biomicroscopiche dei primi Lincei. Nel 1616, contemporaneamente all'opuscolo De purpura, pubblicò in appendice alla seconda edizione dell'Ekfrasis la De glossopetris dissertatio nella quale dette, su base paleontologica, la prima dimostrazione moderna dell'origine organica delle glossopetre e, in generale, dei fossili. Coltivò la musica e costruì uno strumento a cinquanta corde descritto ne La sambuca lincea (1618).